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琼脂糖凝胶电泳是鉴定核酸、蛋白分子量的常用方法，通过琼脂糖凝胶电泳实验分析，可以有效地识别出核酸类型及DNA片段的大小。
实验前准备：
1、琼脂糖凝胶：琼脂糖凝胶的配置浓度需要根据DNA片段长度的大小而定。具体的琼脂糖凝胶的配置浓度参考范围如下：
2、缓冲液：核酸的电泳缓冲液主要有有 Tris-硼酸(TBE)、Tris-乙酸(TAE)和Tris-磷酸(TPE) 3种。实验中多选用TBE缓冲液，如果考虑成本因素的话也可以尝试使用TAE缓冲液。TPE缓冲液磷酸盐浓度较高，在进行DNA回收时容易形成沉淀。10XTBE缓冲液可以直接购买，也可以自行配制。
10XTBE缓冲液配制方法如下：
Tris:108克
EDTA: 9.3克
硼酸:55克
加纯水到1000ul (PH为8.0～8.2之间) ，使用时用20倍的水稀释到0.5XTBE即可。
3、指示剂的使用
指示剂：在DNA电泳实验中常用的指示剂主要为溴二甲苯酚蓝和二甲苯青等。碱性环境下的溴二甲苯酚蓝呈现紫蓝色，在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速率也不相同。比如：在0.6%浓度的凝胶中的迁移率与1KB长度的DNA片段基本一致。而在1%左右浓度的琼脂糖凝胶中迁移速率与0.6KB长度的双链DNA片段基本一致。
二甲苯青溶于水呈现蓝色，同样在浓度不同的凝胶中二甲苯青的迁移速率也是不相同的，比如在1%琼脂糖凝胶电泳时，其迁移速率大致与2Kb双链DNA接近。
4.染色剂的使用
染色剂：核酸电泳后，需经染色后才能显现出带型，琼脂糖凝胶实验较为常用的是EB染色，也就是溴化乙锭染色法。根据实际实验情况，可在凝胶电泳缓冲液中加入浓度为0.5ug/ml的溴化乙锭，或电泳后将凝胶置入浓度为0.5ug/ml EB溶液中染色10-15分钟。即可看到条带。值的注意的是EB浓度如果过高会影响到条带的清晰度。
5. 核酸电泳设备：
核酸电泳设备主要包括电泳仪、电泳槽、梳子等。
6.核酸电泳方法
（1）在用纯水清洗过的电泳槽里放置好梳子。
（2）将稀释好的0.5xTBE缓冲液加入三角瓶中，并加入定量的琼脂粉，根据实验要求配置好对应的琼脂糖凝胶。待冷却到60°C时即可加入EB。缓慢倒入电泳槽中凝固。
（3）待胶凝固后，箱电泳槽中缓缓加入0.5XBE浓度的TBE，加入量以淹没胶面2MM为宜。
（4）打开电源，进行电泳操作。
（5）根据电泳条带进行电泳分析比对。
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